النظام الأكاديمي :
تعتمد الدراسة في الجامعة الإسلامية – فرع الجنوب كما هي الجامعة الإسلامية على نظام الساعات الدراسية المعتمدة والتي تقسم بموجبها السنة الدراسية إلى فصلين دراسيين مدة كل منهما ( 16 ) أسبوعا دراسيا بالإضافة إلى الفصل الصيفي ويستطيع الطالب أن يسجل كحد أقصى (20) ساعة دراسية في الفصل الواحد و (12) ساعة كحد أدنى .
تشمل المساقات الدراسية على متطلبات الجامعة ومتطلبات الكلية ومتطلبات التخصص ويعفى الطلبة النصارى من دراسة مساقات القرآن الكريم ضمن متطلبات الجامعة .
يتخرج الطالب من الجامعة بعد أن ينهي بنجاح عدد الساعات الدراسية المطلوبة في خطته .
سياسة القبول والتسجيل :
يشكل مجلس الجامعة سنويا لجنة لتنسيق قبول الطلبة الجدد وفق معدلاتهم في الثانوية العامة والتي تعتمد على مفتاح التنسيق الذي يقر من قبل مجلس الجامعة , مع مراعاة حاجة الكليات دون أي تمييز أو استثناء ويتم الإعلان عن مواعيد التسجيل للطلبة الجدد في الصحف المحليةوعلى موقع الجامعة على شبكة الإنترنت.
الكليات المتوفرة في فرع الجنوب
يسعى الفرع كل عام باضافة تخصصات وكليات جديدة ،وفي هذا العام الدراسي 2021-2022 وصل عدد الكليات إلى سبعة ،والبرامج الأكاديمية19 اضافة إلى دبلوم التأهيل التربوي.