إن فرع الجامعة الإسلامية بالجنوب صرحٌ علمي , إسلامي الفلسفة فلسطيني النشأة والهوية ذو رسالةٍ سامية يحرص على تقديم خدمة التعليم العالي وفق أحدث المناهج العلمية وبأساليب عصرية حديثة , ويولي فرع الجامعة الإسلامية بالجنوب الإبداع والتطوير والتجديد أهميةً كبيرة , ويهدف إنشاء الفرع إلى توفير الوقت والجهد والمال على طلبة الجنوب , ويسعى القائمون على فرع الجنوب لتطويره بشكل مستمر من خلال الاهتمام بالخطط التعليمية والمرافق والخدمات والمعامل والمختبرات ليصل في المستقبل القريب إلى جامعةٍ مستقلة . و نظراً للإقبال المتزايد من قبل الطلبة على الالتحاق بالجامعة من كافة أنحاء القطاع ومن جنوبه خاصة حرصت الجامعة الإسلامية على أن يكون لها فرع يخدم منطقة جنوب قطاع غزة ، ويساهم في حل المشاكل والصعوبات التي يلاقيها أبناؤنا الطلبة ، وكانت بداية افتتاح فرع الجنوب مع انطلاق انتفاضة الأقصى عام 2000م ، وذلك عبر إنشاء مكتب للجامعة في خان يونس يعنى بمتابعة شئون الطلبة أكاديمياً وإدارياً ، ثم تطور الفرع حتى غدا معلماً من معالم الجنوب .
وتواكب الجامعة الحضارة العالمية والعطاء الإنساني والإنجازات العلمية والتكنولوجية , ومن أجل ذلك تسعى بشكل دائم لتحديث مناهجها لمواكبة التطور العلمي الذي تشهده حقول المعرفة في كل مكان من العالم , وللجامعة الإسلامية ثقافة تدعو إلى الإبداع والتطوير والتنمية والأخذ بسبل التقدم العالمية الأمر الذي ظهر جليا في المستوى الأكاديمي للجامعة , ويشكل حرص الجامعة على التطوير القائم على المرتكزات الأساسية للعملية الأكاديمية ( الأستاذ والوسائل التعليمية والمرافق والمختبرات ) المحدد الأساسي في عملية التطوير .
ويضم فرع الجنوب بين جنباته كليات تدرس فيها جميع المستويات , كما أن هناك كليات وأقسام مفتوحة بمستويات مختلفة , ومن أجل تقديم أفضل الخدمات للطلبة تم تشكيل مجلساً أكاديمياً يشرف على الفرع لمتابعة الأمور الأكاديمية , ويضم في عضويته عميد الفرع ونائبه بالإضافة إلى منسقي الكليات